Pada dasarnya semua kegiatan di Pondok Pesantren Nazhatut Thullab adalah program pondok pesantren. Namun secara khusus yang dimaksud dengan program pondok pesantren adalah program yang berbasis asrama/ pondok berupa proses pelaksanaan dan evaluasi, yang merupakan program wajib bagi santri Pondok Pesantren Nazhatut Thullab.
Program pondok pesantren dibagi menjadi 2 (dua), yaitu inti dan ekstrakurikuler. Program inti adalah program yang diwajibkan bagi semua santri, sedangkan program ektrakurikuler adalah wadah minat dan bakat santri.
Adapun Program inti Pondok Pesantren Nazhatut Thullab sebagai berikut :
Sedangkan program ekstrakurikuler di Pondok Pesantren Nazhatut Thullab terdiri atas:
Jadwal Kegiatan Santri
Shalat malam, shalat Shubuh dan Pengajian al-Qur’an : 03:30 s.d. 05.30 WIB
Persiapan sekolah & makan pagi : 05.30 s.d. 07.00 WIB
Sekolah Formal (Diniyah, SMP, MTs, SMA, MA, dan SMK) : 07.30 s.d. 12.00 WIB
ISHOMA (istirahat, shalat dhuhur dan makan) : 12.00 s.d. 13.00 WIB
Lanjutan Sekolah formal (Diniyah, SMP, SMA, MTs, MA, dan SMK) : 13.00 s.d. 15.15 WIB
Istirahat/persiapan shalat Ashar : 15.15 s.d. 17.30 WIB
Shalat Maghrib, Tafsir, shalat Isya’ : 17.30 s.d. 19.00 WIB
ISMA (istirahat dan makan malam) : 19.00 s.d. 20.00 WIB
Sorogan kitab : 20.00 s.d. 21.00 WIB
Belajar malam (muthala’ah al-durus) : 21.00 s.d. 22.00 WIB
Istirahat malam : 22.00 s.d. 03.30 WIB